在实际运行过程中，在气温适宜的条件下投加碳源，培养反硝化细菌挂膜，培养好后不再外加碳源，此时主要功能是过滤，滤池进水中有少量BOD5，因此滤池中仍有相当数量的反硝化细菌。当TN超标，运行时只需补加碳源，反硝化功能很快恢复，在去除SS 的同时，进一步反硝化脱氮，运行工况可灵活转换。反硝化过程中，各含氨基团或含氨化合物转变为氨气。含氮泡沫不断增多导致暴气头压力损失，因此，必须周期性排除过多的泡沫。另外，在重复脱氨的过程中，由于水体中碳的含量有限，因此须持续补充碳，以保证生化效果。常用添加剂有:甲醇、乙酸、乙酸钠、或葡萄糖等。冬季低温反硝化效果不好时，深床滤池投加碳源作为反硝化滤池去除SS和TN，春秋季及夏季温度较高时，深床滤池不用外加碳源即可灵活转换成砂滤池去除SS。能确保一级A的出水要求，出水SS小于10mg/L，使整个污水处理系统能承受更大的水质和水量的冲击负荷，同时为更为严格的出水标准留有空间。通过滤池控制软件系统及现场控制柜，以控制滤池运行、反冲洗及碳源投加。

二级出水进入反硝化深床滤池，滤池为矩形钢筋混凝土结构，过滤周期T=23.5h，冲洗周期0.5h，冲洗时间6min，滤池正常运行情况下需有氦气驱除功能，通过水冲扰动去除反硝化滤池中的氮气，扰动频率2~4h/次，水冲流量12L/m2s，历时3~5min。